Les informations sur la diversité génétique de la flore et de la faune naturelles du Sri Lanka sont extrêmement limitées. Les ressources phytogénétiques indigènes du Sri Lanka résident dans les écosystèmes naturels et les divers systèmes agricoles du pays. La diversité génétique de la flore naturelle est le segment le moins documenté. Presque toutes les informations disponibles se limitent aux cultures agricoles importantes sur le plan économique et à leurs espèces sauvages apparentées.

Les études menées sur la diversité génétique des léopards indiquent une variation génétique plus faible dans les populations du Sri Lanka par rapport à celles de la Malaisie péninsulaire. Des analyses moléculaires ont montré que le léopard du Sri Lanka est une sous-espèce distincte, l'une des dix au monde. Parmi les éléphants du Sri Lanka, des niveaux relativement élevés de différenciation de l'ADNmt ont été observés entre les régions du nord, des latitudes moyennes et du sud de l'île.
Des analyses moléculaires récentes ont montré que les rainettes arborescentes du genre Philautus (Rhacophoridae) qui se développent directement représentent un rayonnement insulaire endémique important. Des études de phylogénétique moléculaire ont également montré que la faune caecilienne du Sri Lanka est d'origine monophylétique, celle des basses terres du sud-ouest constituant un clade, ce qui représente peut-être une divergence relativement récente par rapport à celle des hautes terres centrales.

Parmi les plantes, des études phylogénétiques et génétiques des populations ont été menées sur certains membres des Diptérocarpacées (Shorea et le genre endémique Stemonoporus), des Myrtacées 135 (Syzygium spp.) et des Annonacées (Polyalthia spp. et Xylopia champion). La proportion de la diversité génétique totale des populations de certaines espèces de Diptérocarpes résultant de taux plus élevés d'allogamie est similaire à la moyenne signalée dans la littérature pour les espèces ligneuses tropicales. Une variation génétique plus faible au sein de la population de ces espèces a été signalée dans des fragments de forêts exploitées, ce qui suggère que la dégradation des forêts, leur fragmentation et la réduction de la taille de l'habitat ont entraîné leur érosion génétique.

La diversité génétique des espèces sauvages apparentées, des cultivars traditionnels et des races locales d'espèces cultivées est estimée à des fins de conservation in situ et ex situ à la fois à l'intérieur et à l'extérieur des zones protégées, dans les terres agricoles et les jardins potagers, dans les banques de gènes, le cas échéant, et caractérisée principalement grâce aux initiatives des départements de l'agriculture et de l'agriculture d'exportation et des instituts de recherche sur les cultures de plantation. La diversité des ressources phytogénétiques dans les différentes régions agroécologiques de l'île est assez élevée. Environ 645 espèces sauvages apparentées à des plantes cultivées du Sri Lanka ont été répertoriées dans l'herbier national de Peradeniya.

La diversité des plantes agricoles de l'île comprend l'Oryza sativa (riz) avec ses 2 800 variétés/races locales et ses cinq espèces sauvages apparentées, 7 espèces à grains grossiers et leurs cultivars traditionnels de maïs et de sorgho ; 14 espèces de légumineuses à grains ; 8 espèces de cucurbitacées, 2 de solonacées et 4 autres espèces de légumes (haricot, gombo, amarante, piment) ; 17 espèces de racines et de tubercules. Les épices économiquement utiles sont 8 espèces de cannelle, Elettaria cardamomum, 3 espèces de cornemuse (avec 7 espèces sauvages apparentées), le clou de girofle, la muscade, la noix de bétel, la vanille, le piment et le gingembre. Parmi les autres espèces importantes, citons trois principales espèces de boissons (thé, café et cacao), la canne à sucre, le kitul, l'arecanut, le tamarin, la citronnelle, 3 espèces d'oléagineux et 2 plantes à fibres. Les espèces horticoles comprennent le bananier avec neuf cultivars et deux espèces sauvages apparentées, les agrumes, et plus de 20 autres espèces fruitières. Les accessions de matériel génétique de cette vaste gamme de cultures sont conservées dans la banque de gènes de semences et dans les banques de gènes de terrain du ministère de l'Agriculture, ainsi que sur place, dans les jardins potagers des villages.

Au total, 1414 espèces de plantes du Sri Lanka sont considérées comme présentant un intérêt pour la médecine indigène (ayurvédique). Parmi elles, 50 sont très utilisées, 208 sont couramment utilisées et 79 sont menacées. Un projet a été réalisé pour jeter les bases de la conservation et de l'utilisation durable des plantes médicinales au Sri Lanka.

État de la collecte de matériel génétique par groupe de cultures au PGRC

Groupe de cultures	Nombre d'adhésions au PGRC
Riz et espèces apparentées	4999
Autres céréales et espèces apparentées	1788
Légumineuses à grains	2221
Légumes (légumineuses, cucurbitacées, crucifères, allium, légumes à feuilles, etc.)	3164
Légumes et condiments solanaces	1387
Cultures fruitières	165
Cultures de racines et de tubercules*	200
Cultures oléagineuses	442
Plantes médicinales	30
Cultures à fibres	67
Moutarde et épices associées	134